Die 38 im Jahre 1811 vorgetragen Vorlesungen über die Wissenschaftslehre sind eine vollkommene und besonders gut artikulierte Darstellung Fichtes Systems in der Zeit seiner Tätigkeit an der neu gegründeten Universität zu Berlin. Der Öffentlichkeit sind sie erst 1999 bekannt geworden, als sie in derJ. G. Fichte Gesamtausgabe der Bayerischen Akademie der Wissenschaften aufgenommen wurden, denn bis dahin wurden sie von den jeweiligen Editoren des Fichte-Nachlasses nie erwähnt.
Fichte nimmt in dieser Darstellung seines Systems gegen beide Formen des Nihilismus Stellung - den theoretischen sowie den mit diesem zusammenhängenden praktischen. Um seine systematische Position formulieren und vertreten zu können, setzt er sich vor allem mit Spinoza und Kant nochmals auseinander. Spinoza stellt nämlich nach Fichte die Grundfrage der Philosophie, wie neben dem Sein auch ein Dasein denkbar sein kann, während Kant ihm im Begriff der Erscheinung den Weg zu ihrer Lösung aufzeigt. Aber zwei weitere Probleme ergeben sich für Fichte aus der kritischen Philosophie Kants: wie kann man das Bewußtsein beschreiben, wenn man sich nicht aus seinem Zirkel bewegen kann, und wie kann man die in dieser Beschreibung faktisch entdeckte Ursprünglichkeit der Synthesis rechtfertigen? Für Fichte hatte der Begründer der Transzendentalphilosophie die grundlegende synthetische Tätigkeit des Bewußtseins nur noch als ein Faktum des Bewußtseins angenommen. Der Beweis ihrer Möglichkeit ist nach Fichte letztlich nur zu führen, indem man sie auf eine Erscheinungsform der Freiheit als Inbegriff Gottes zurückführt. Diesen Beweisgang versteht nun Fichte als Vervollständigung des transzendentalphilosophischen Programms und zugleich als Mittel, um aus dem Wissen in die Weisheit überzugehen.